Un mapa de tipos de células individuales de tejidos humanos

En la imagen: La relación entre algunos de los principales tipos de células humanas analizados en la publicación de Karlsson et al (2021). Crédito: Atlas de proteínas humanas

En un estudio publicado en la revista estadounidense Science Advances , se presenta un mapa de un solo tipo de células de los tejidos humanos. Se ha lanzado un atlas de acceso abierto con más de 250.000 gráficos interactivos para permitir a los investigadores explorar la expresión en tipos de células individuales para todos los genes que codifican proteínas en estos tejidos.

El nuevo portal de conocimiento se ha creado como parte del programa Human Protein Atlas con sede en Suecia (www.proteinatlas.org) que combina datos de una sola célula con perfiles basados ​​en anticuerpos para permitir un mapa holístico de células, tejidos y órganos a nivel de todo el organismo. proteínas en todo el cuerpo humano para que actúen como base para la investigación en biología y enfermedades humanas.

Las espectaculares mejoras en la secuenciación paralela masiva junto con las preparaciones de muestras de células individuales y la desconvolución de datos han permitido que la secuenciación de ARN de células individuales se convierta en un enfoque poderoso para caracterizar células individuales . En el artículo de Karlsson et al, se combinó el análisis de células individuales utilizando secuenciación de ARN y perfiles basados ​​en anticuerpos para crear un mapa disponible públicamente de 192 tipos de células humanas.

Tipos de células que comparten funciones similares

El análisis destaca distintos grupos de expresión correspondientes a tipos de células que comparten funciones similares, tanto dentro de los mismos órganos como entre órganos. Se realizó una clasificación para mapear el perfil de expresión génica de todos los genes que codifican proteínas a través de los diferentes tipos de células para determinar el número de genes elevados en tipos de células individuales particulares y, por lo tanto, que muestran una especificidad de tipo de célula alta o baja. En todos los tipos de células analizados, casi 14.000 genes mostraron una expresión elevada en tipos de células particulares, de los cuales se encontró que aproximadamente 2.000 genes eran específicos para solo uno de los tipos de células.

Los tipos de células en los testículos mostraron el mayor número de genes elevados de tipo celular, seguidos de las células ciliadas. Curiosamente, solo el 11% de los genes se detectaron en todos los tipos de células analizados, lo que sugiere que el número de genes esenciales ("mantenimiento") es sorprendentemente reducido.

"El artículo describe una adición importante al Atlas de proteínas humanas, que se ha convertido en una de las bases de datos biológicas más visitadas del mundo, que alberga millones de páginas web con información sobre todos los genes codificadores de proteínas humanas", dice Mathias Uhlén, director de Human Consorcio Protein Atlas.

"Estamos entusiasmados de que la nueva sección de tipo de célula única de acceso abierto constituya un recurso único para estudiar la especificidad del tipo de célula y la localización espacial exacta de todas nuestras proteínas", dice la Dra. Cecilia Lindskog, directora del grupo HPA Tissue Profiling.

Publicación: 2/Agosto/2021

Fuente:
Phys.org

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